En los salmónidos el desarrollo de mapas genéticos y la identificación de QTL ha progresado lentamente. Estos peces han retrasado los esfuerzos de mapeamiento de genes y QTLs debido a que ellos presentan un largo intervalo entre generaciones (dos cuatro años), un genoma parcialmente tetraploide y pocos marcadores informativos. A pesar de estos factores, la primera generación de mapas de ligamiento se han desarrollado para las principales especies explotadas comercialmente de salmones y muchos interesantes QTLs han sido localizados.

En el capítulo “Salmonids”, se revisan el estatus taxonómico, distribución, biología y rasgos de historia de vida de los géneros de los salmónidos: Salmo, Oncorhynchus, Salvelinus, Coregonus, y Hucho, así como también aspectos históricos del cultivo, de salmones a partir del siglo 14 hasta nuestros días, además de los principales programas de mejoramiento genético existentes en la actualidad junto con los rasgos seleccionados en las especies comerciales.

En los capítulos relacionados con la cartografía genética se describen los principales mapas de ligamiento publicados desde los años 90’ hasta el 2006, incluyendo cuatro mapas para trucha arcoiris, dos para salmón del Atlántico, y mapas para el salmón rosado, trucha café, charr Ártico.

En general dos estrategias de cartografía se han usado para las especies de salmones una basada en el cruzamiento entre individuos doble haploides junto con el uso marcadores dominantes AFLP, y la otra basada en diseños de retrocruza o F2 unidos al uso de marcadores co-dominantes (principalmente SSR). Estos estudios de mapeo han revelado el efecto de la tetraploidia ancestral con la identificación de un gran número de marcadores, genes y regiones cromosómicas duplicadas, además de notables diferencias en las tasas de recombinación entre los sexos, y la identificación de regiones cromosómicas sinténicas entre las distintas especies de salmónidos. Mapas de segunda generación están en desarrollo unidos a los esfuerzos para producir diversos tipos de recursos genómicos.

La detección de QTL se ha centrado en dos especies (trucha arcoiris y salmón del Atlántico) con diversos diseños de cruzamiento y resultados. Los rasgos que han sido estudiados incluyen tolerancia a la temperatura alta, fecha de desove, masa o peso corporal, longitud, factor de condición, resistencia a enfermedades (IPN, HIN, ISA o parásitos), además de rasgos merísticos. Diversos estudios de asociación usando análisis de segregación en grupo y genotipificado selectivo han producido marcadores específicos para cromosoma Y, rasgos reproductivos, color del músculo y albinismo, entre otros. Muchos de estos marcadores junto con genes codificantes, secuencias teloméricas, y genes ribosomales se han mapeado físicamente usando FISH.

Finalmente, todos los QTLs mapeados, marcadores, regiones cromosómicas completas junto con los recursos genómicos, datos cariotípicos y de hibridización in situ se están usando para integrar mapas genéticos y citológicos.